Los problemas que presentan los ríos del valle de Tarija, son comunes a todos, el sobre pastoreo conjuntamente con la deforestación y la inestabilidad del suelo, provocan una erosión muy fuerte en las cabeceras con una posterior sedimentación de materiales en la parte baja de la cuenca aumentando el nivel del lecho de los ríos.

La ampliación del área de cultivo hasta los bordes mismos de los cauces, sin considerar un margen de protección, aumenta su vulnerabilidad hacia las crecidas; a esta situación se suma la extracción de áridos no regulada que produce la formación de nuevos e innumerables cauces ocasionando frecuentes desbordes en las riberas con el consiguiente arrastre de tierras cultivadas.

Este panorama se complementa con la contaminación de las aguas servidas de las poblaciones circundantes y los agroquímicos usados en los cultivos adyacentes.